Nueva Herramienta Desarrollada Para Secuenciar El Adn Circular

ADN circular de CIDER-Seq

En la foto aparece CIDER-Seq, una herramienta recientemente desarrollada para secuenciar ADN circular y extracromosómico circular, en acción. Crédito: Devang Mehta

El nuevo método proporcionará información sobre los genomas de bacterias y virus, así como la circular extracromosómica ADN en mamíferos y plantas.

Los biólogos de la Universidad de Alberta han inventado una nueva forma de secuenciar el ADN circular, según un nuevo estudio. La herramienta, llamada CIDER-Seq, brindará a otros científicos datos ricos y precisos sobre el ADN circular en cualquier tipo de célula. 

Si bien nuestro propio ADN es lineal, el ADN circular es común en los genomas de bacterias y virus. Los científicos también han descubierto ADN circular dentro de los núcleos de células humanas y vegetales, llamado ADN circular extracromosómico (eccDNA). Recientemente, se ha comenzado a investigar el papel del ADNcc en el cáncer humano, pero el progreso se ha visto obstaculizado debido a la falta de métodos efectivos para estudiar y secuenciar el ADNcc. 

“Nuestro avance clave es que, a través de nuestro método, los científicos finalmente pueden obtener una comprensión imparcial y de alta resolución del ADN circular en cualquier tipo de célula”, explicó Devang Mehta, investigador postdoctoral en el Departamento de Ciencias Biológicas y autor principal. “Con nuestra invención de CIDER-Seq, podemos comenzar a comenzar a comprender la función de estos misteriosos ADN circulares en células humanas y vegetales”.

CIDER-Seq utiliza tecnología de secuenciación de ADN llamada PacBio. El método incluye un protocolo de laboratorio web, así como una nueva canalización computacional. Está optimizado para examinar tanto los genomas virales como el ADNcc y está disponible para otros científicos en línea.

“Ideamos un nuevo método de biología molecular y un nuevo algoritmo bioinformático para obtener finalmente secuencias completas de eccDNA”, explicó Mehta. “Nuestro método finalmente nos permite secuenciar estas moléculas por completo y nos brinda a nosotros y a otros investigadores una herramienta para comprender mejor lo que realmente hacen en la célula”.

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Referencia: “Secuenciación completa de virus de ADN circular y ADN circular extracromosómico usando CIDER-Seq” por Devang Mehta, Luc Cornet, Matthias Hirsch-Hoffmann, Syed Shan-e-Ali Zaidi y Hervé Vanderschuren, abril de 2020, Nature Protocols .
DOI: 10.1038 / s41596-020-0301-0

El trabajo fue una colaboración con Herve Vanderschuren en la Universidad de Lieja en Bélgica. 

La financiación de esta investigación fue proporcionada por las becas de Mehta de la Swiss National Science Foundation y el Séptimo Programa Marco de la Comisión Europea. El laboratorio Vanderschuren fue apoyado por el Fonds de la Recherche Scientifique y el programa LEAPAgri de la Unión Europea.

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